1946年に日本考古学研究所（千葉県市川市）を設立し、初代所長を務めたジェラード・グロート神父が収集した考古資料コレクション。関東地方の縄文土器を中心とする資料。

先史学者のヨハネス・マリンガ―神父が収集した、フランスを中心とするヨーロッパ旧石器時代の石器や骨角器。約70万年前から数千年前までの各石器文化を象徴する資料が揃う。

民族学者のヘンリー・アウフェンアンガー神父が、1963年にパプアニューギニアのセピック河流域で収集した民族誌資料コレクション。主に精霊像や儀礼用仮面など。

1964年に南山大学学長・沼沢喜市ら教員による「東ニューギニア学術調査団」が、パプアニューギニア高山地帯で収集した民族誌・考古資料。科研費助成による戦後初期の海外学術調査の成果。

中山英司氏ら南山大学の教職員が、東海地方を中心とする遺跡の発掘調査で収集した資料や、名古屋市指定文化財の大須二子山古墳出土資料のほか、個人・他機関からの寄贈または購入資料も含む。

文化人類学者友枝啓泰氏が、1960年代から40年以上にわたるアンデス地域でのフィールドワークで撮影した4万点以上の写真資料。

専門学校桑沢デザイン研究所の教員でデザインリサーチャーの井上耕一氏が収集した、東・東南アジアの漆器や民族衣装、アフリカの腰かけコレクションや写真作品など。

2000年に上智大学より寄贈されたタイ山地民族のコレクション。1967～1974年に、白鳥芳郎教授を団長とする「上智大学西北タイ歴史・文化調査団」により収集された。

1983年頃から収集を始めた現代生活史資料。1960年代前後の家庭で使用されていた家電や日用品など、寄贈品を中心に2万点以上を所蔵する。

言語・文化人類学者の西江雅之氏が、世界各地で収集した仮面や彫刻など多岐にわたる資料。

中国考古学を専門とする南山大学教授・西江清高氏が、北京大学留学中の1986年に収集した中国雲南省の少数民族衣装のコレクション。

倉田勇氏（南山大学名誉教授）が、インドネシア各地で収集した染織布、仮面、木像、装飾品など。

工芸作家の酒井登巳子氏から、2021年に寄贈されたインドネシア関連の染織布や衣服、木製の家具など。

南山大学理工学部の客員教授であった菊島靖弘氏より2017年に寄贈された、タイ、インドネシア、ミャンマーなど東南アジア地域の民族資料。

人類学者の後藤明氏が、インドネシア、ソロモン諸島、フィリピンなどでの調査研究により収集した民族誌・考古資料。

南山大学人類学博物館が所蔵する多彩なコレクション。